Der Jägermayrhof befindet sich auf besonders geschichtsträchtigem Boden. Seine erkennbare Geschichte umfasst etwa 6.000 Jahre. Wenn nicht schon früher, so spätestens in keltischer Zeit, dürfte hier eine Art Fluchtburg gestanden sein.

Schon die älteste Ansicht von Linz zeigt in der Nähe der Martinskirche ein Forsthaus, das vielleicht der Jägermayrhof sein könnte. Die Wälder waren ein beliebtes Jagdrevier, das auch Kaiser Maximilian I. bevorzugte, wenn er in Linz war. Die Wälder am Freinberg und Kürnberg waren landesfürstlicher Besitz und gehörten zum Linzer Schloss. Das dazugehörige Forsthaus, die Jagdmeierei - der "Jägermayrhof" - hat schon früh die Schankgerechtigkeit, also die gastgewerbliche Konzession erhalten.

Als Kaiserin Maria Theresia den Kürnbergerwald verkaufte, erwarb das Stift Wilhering 1741 auch das "Jägermayrhäusl". Es dürfte dann an einen Jäger verkauft worden sein und wurde über Generationen weitervererbt.

Schon im 18. und 19. Jahrhundert war der Jägermayr das beliebteste Ausflugsziel der Linzer. Man wanderte zu Fuß hinauf, um die Aussicht zu bewundern.

Dramatische Stunden erlebte der Jägermayr am 12. Februar 1934, als sich republikanische Schutzbündler hier verschanzten. Nach harten Gefechten mussten sie sich schließlich der Exekutive ergeben. Der Jägermayrhof wurde mit Maschinengewehren beschossen und 25 Minen wurden auf ihn abgeworfen. Das Gebäude wurde schwer beschädigt, es gab zahlreiche Verletzte.

Nach dem 2. Weltkrieg führte ein Industrieller den Jägermayrhof als "Hotel Bauer". 1956 wurde der Jägermayrhof an die Stadt Linz verkauft. Als die Stadt den Jägermayrhof zum Verkauf anbot, griff die Arbeiterkammer zu. Das ehemalige Höhenrestaurant wurde in ein Bildungszentrum umgebaut.

1959 wurde das AK-Bildungshaus Jägermayrhof eröffnet, 1972 umgebaut und erweitert. Im Jahr 2000 wurde die Aula neugebaut und die Haustechnik modernisiert.